1572. La France des guerres de religion est devenue le champ clos des grands seigneurs et des prétendants au trône. À Paris, le jeune roi protestant de Navarre, le futur Henri IV, vient d'épouser Marguerite de Valois, dite Margot. Ce mariage entre une catholique et un protestant, destiné à ramener la paix dans le royaume, n'empêche pas la mère du roi Charles IX, Catherine de Médicis, et ce dernier à préparer dans l'ombre le complot de la nuit de la Saint-Barthélémy. Les frères de Charles complotent également pour prendre sa place et Henri de Navarre ne songe qu'à défendre sa vie.

Intrigues, alliances, complots, trahisons se succèdent tandis que Margot entretient une relation avec un gentilhomme protestant, La Mole. Commence alors une lutte âpre et sans merci entre les deux camps, dont le point d'orgue sera le massacre des protestants lors de la nuit de la Saint-Barthélémy. Charles IX, roi fantasque, d'une méfiance maladive, et perpétuellement sous l'influence de sa mère, finit par se prendre réellement d'amitié pour son beau-frère, au grand dam de Catherine de Médicis.