Le manuscrit clandestin représente un genre très particulier de la communication philosophique et quelques 200 textes ont été répertoriés représentant environ 2000 copies datant de la fin du XVIIe siècle et du XVIIIe siècle. Le Theophrastus redivivus de 1659 fixe le modèle du traité philosophique clandestin : anonymat total, critique rationaliste de la religion et de la philosophie... Ces "traités" traversent toute une époque de transformations culturelles variées, ils sont marqués par le septicisme de Montaigne et de Bayle, le rationalisme de Descartes et Malebranche et autres influences philosophiques antérieures, tout en essayant des voies nouvelles, en mélangeant des parcours philosophiques souvent hétéroclites à la recherche d'une vérité cachée, d'une histoire à lire "entre les lignes".