Le volume 18 des registres du Consistoire de Genève, qui couvre l'année 1561, soit l'année précédant le début des guerres de religion, fournit des preuves palpables des conflits qui sévissaient alors en France. Certains pasteurs notables se sont absentés de la ville pendant de longues périodes, notamment Pierre Viret, qui était au service des réformés à Nîmes, et Théodore de Bèze, qui a participé au Colloque de Poissy – tentative infructueuse de concilier les différences entre catholiques et protestants. On trouve dans ce volume un jugement sévère à l’encontre de l’anabaptisme et de fortes réprimandes envers la sœur de Sébastien Castellion qui affirmait que son frère, champion de la tolérance religieuse, était un homme bon. Le Consistoire continue à se montrer sceptique à l’égard des personnes soupçonnées de sorcellerie, et il s’attaque à l’ignorance religieuse de manière plus sévère qu’auparavant. Luttant toujours contre la prodigalité et la paresse, le Consistoire insiste même auprès du Conseil pour qu'il mette les pauvres au travail en creusant des fossés. Un exemple mémorable est celui de l'annulation d'une promesse de mariage faite sans le consentement des parents du jeune homme, étudiant français à l'Académie, et de la jeune femme, fille du pasteur François Bourgoin. N’ayant pas réussi à maintenir l’ordre au sein de sa famille, Bourgoin a d’ailleurs été destitué de sa charge à Genève et envoyé au service d’une église en France. Pour la première fois, les autorités ont poursuivi des personnes coupables d'avoir enfreint l'interdiction faite aux mariées de porter leurs cheveux sur les épaules lors de leur mariage, une pratique jugée impudique.