Après Magical Girl of the End, voici le nouveau coup de maître de Kentarô Satô !! Plus viscéral, plus psychologique et plus angoissant, bienvenue dans un autre monde... un monde où les Magical Girls s'affrontent et se massacrent pour leur survie !! Après être monté dans le grand huit Magical Girl of the End, embarquez cette fois dans le train fantôme Magical Girl Site !!
Aya Asagiri est une jeune fille malheureuse. Malheureuse au collège, où elle subit les brimades de ses camarades, et malheureuse chez elle, où l'attend tous les soirs un grand frère violent. Mais une nuit, alors qu'une fois de plus, elle pense au suicide, son ordinateur va se connecter de lui-même à un étrange site internet : Magical Girl Website. Là, un étrange personnage, va lui annoncer qu'elle a été choisie pour devenir une Magical Girl et qu'elle va recevoir une baguette magique ! Désormais armée de pouvoirs, elle devra choisir entre pardonner ou punir ceux qui lui ont fait du mal ! Mais elle devra aussi être sur ses gardes, car un tueur massacre les Magical Girls ! Heureusement pour elle, Tsuyuno Yatsumura, une autre jeune fille, qui tout comme elle possède des pouvoirs, la prendra sous son aile et la guidera dans le monde ultra-violent des Magical Girls ! Et surtout ensemble, elles pourront enquêter sur un mystérieux compte à rebours qui, d'après certains, annonce l'Apocalypse !