Après Magical Girl of the End, voici le nouveau coup de maître de Kentarô Satô !! Plus viscéral, plus psychologique et plus angoissant, bienvenue dans un autre monde... un monde où les Magical Girls s'affrontent et se massacrent pour leur survie !! Après être monté dans le grand huit Magical Girl of the End, embarquez cette fois dans le train fantôme Magical Girl Site !!
Aya Asagiri est une jeune fille malheureuse, harcelée au collège, frappée chez elle où l'attend tous les soirs un grand frère violent... Mais une nuit, alors qu'elle pense à se suicider, son ordinateur se connecte à un mystérieux site web, sur lequel un étrange personnage lui annonce qu'elle a été choisie pour devenir une Magical Girl ! Armée de sa baguette magique, elle va maintenant devoir choisir entre pardonner ou punir ceux qui lui ont fait du mal !!