Ce roman historique est basé sur une histoire vraie dont l'action se situe au début du XXe siècle sur l'île de Clipperton, la plus petite possession française dans le monde, annexée en 1931.

Voulant s'approprier cet éclat volcanique perdu dans l'océan Pacifique à 1300 km des côtes mexicaines, le gouvernement de Mexico envoie en 1905 une garnison commandée par le capitaine Ramon Arnaud, ainsi que des péons. Tous débarquent avec femmes, enfants et animaux domestiques. Ils construisent des maisons et des bâtiments destinés à l'exploitation du guano, l'engrais miracle. Mais, dès 1910, le Mexique, plongé dans la tourmente révolutionnaire, oublie totalement Clipperton et ses colons. Privés de ravitaillement et de moyens de retour, l'île devient leur prison.

Le Roi de Clipperton est l'histoire inversée de Robinson Crusoé : dans le roman de Defoe, Robinson arrive sur une île déserte et reconstruit la civilisation. Il devient le roi tout-puissant et civilise Vendredi. Ici, le commandant Arnaud, le chef de la garnison mexicaine, débarque en conquérant avec ses traditions militaires, ses médailles, ses armes, et instaure abruptement la " civilisation ". Mais le soleil, la pluie, la mer, les requins, les oiseaux, finiront par se liguer contre les hommes et leur faire perdre leur part d'humanité.