L’année 1540 est essentiellement marquée par les suites de l’affaire du traité négocié par les Articulants l’année précédente. Les autorités genevoises tentent à tout prix de le faire annuler, avec succès, en rejetant la faute sur leurs trois ambassadeurs, lesquels sont soutenus par Berne, qui cherche ainsi à laver son honneur.
La condamnation à mort des Articulants en juin provoque une émeute, dont les conséquences se font sentir jusqu’à la tête du gouvernement et durent jusqu’à la fin de l’année.
Aux désordres causés par les fugitifs qui ont quitté Genève au lendemain de l’émeute s’ajoutent les infractions de juridiction des officiers bernois dans les terres de Saint-Victor et Chapitre, qui deviennent de plus en plus audacieuses.
La défense de la ville est une préoccupation constante et les travaux engagés durant l’été 1539 se poursuivent et se renforcent, surtout après les événements de juin. L’entreprise la plus marquante de l’année est la destruction du faubourg de la Corraterie décidée en septembre, malgré les protestations de ses habitants.
Du côté de la religion et de la discipline ecclésiastique, les ministres de la ville se heurtent à la résistance d’une partie de la population encore attachée au catholicisme. Confrontés à des critiques et à des insolances à leur égard, deux d’entre eux, Jean Morand et Antoine Marcourt, quittent la ville en août et en septembre respectivement. Ces défections ainsi que le changement de majorité au sein du gouvernement entraînent le rappel de Jean Calvin à Genève, qui en a été chassé en 1538. Occupé ailleurs, ce dernier repousse sa venue et n’arrivera qu’en septembre 1541. En attendant, les deux ministres restés à Genève pourront compter sur Pierre Viret, appelé en renfort, lequel arrivera en début d’année.