1593, année décisive, bouleversante même, pour la France comme pour Genève. Pour la deuxième patrie de Bèze, c'est la fin de la guerre contre la Savoie. Pour la seconde, c'est la défaite de la Ligue et le triomphe de Henri IV. Mais à quel prix, ce triomphe! Il a fallu que le roi se convertisse, pour que les ligueurs cessent de le combattre, ayant compris, par ailleurs, qu'il n'y avait pas d'autre candidat vraiment français au trône, car tous les autres étaient vendus à l'Espagne. Bèze ressentit la nouvelle de l'abjuration comme une catastrophe, mais au bout d'un mois, il comprit que c'était le prix de la paix en France. La trêve de La Villette, entre la Ligue et le roi, finit par être étendue aussi au duc de Savoie, et donc à son conflit avec les Genevois. Entre temps, la petite République à bout de ressources, envoya des agents aux Pays-Bas et dans l'Est de l'Europe pour quêter des secours. Des lettres de Bèze les accompagnaient. Des messages parvinrent en retour. Ce sont toutes les peines et les espoirs de l'Europe qui trouvent ici leur écho, sans parler des "moyenneurs" en France, que Bèze trouve très inquiétants.