Ce registre, et la correspondance qui le complète, reflètent mouvementée : expansion du protestantisme au moment de l'Edit de Nantes, crainte et restriction lorsque les territoires environnant Genève sont à nouveau catholiques, à la suite du traite de Lyon (1601) et des efforts de la contre-réforme. Puis c'est l'Escalade (11 décembre 1602), la "miraculeuse délivrance" de Genève, exaltée dans les lettres écrites de Genève et reçues de tous les coins du monde. A l'Escalade succède une guerre larvée jusqu'à la paix de Saint-Julien avec la Savoie (été 1603), d'où la République sort affermie. Les magistrats imposent leur volonté plus que jamais. Il reste aux pasteurs à jouer un rôle nouveau et lourd d'avenir : celui de recueillir les doléances du peuple.