La période qui suit la mort d'Henri IV voit s'accumuler les éléments de crise qui vont conduire au synode de Dordrecht et à la guerre civile contre les Huguenots en 1621. La Compagnie ne ménage pas ses conseils de prudence aux députés du Synode national de Vitré. A Genève, la peste fait des ravages : les pasteurs, comme la population, l'affrontent avec courage et discipline. En 1613, la responsabilité civile de la Compagnie est étendue à l'Hôpital. Les séances de la Compagnie deviennent également plus fréquentes. Et tout en s'occupant du bon fonctionnement de l'Académie, d'enrichir sa bibliothèque, de soutenir le Consistoire dans la défense des bonnes mœurs, la Compagnie ne cesse de lutter contre les tendances oligarchiques du gouvernement.
Les sources concernant l'histoire de l'Eglise de Genève pendant la première partie du XVIIe siècle sont en général inédites, et sans elles il est difficile de comprendre l’évolution du calvinisme. Elles deviennent désormais accessibles et utilisables, grâce à une annotation de grande qualité.