Épopée domestique, célébration de la vertu, idéalisation romantique de la femme et de l'amour platonique dans un cadre idyllique, Le Lys dans la vallée se révèle en fait un roman ambigu, pétri de subtiles perversités. Refoulement d'un désir qui se dit par les voies détournées d'un langage symbolique, rapports troubles entre érotisme et mysticisme, tentation incestueuse, composent une fiction équivoque, à la forme faussement limpide et aux résonances multiples. Roman poétique de la Touraine, roman d'éducation, roman nourri d'autobiographie, mais aussi récit adressé à une femme par un narrateur de mauvaise foi, et déclaration d'amour à une morte autant qu'à une lectrice, ce Lys s'impose comme l'une des plus complexes productions balzaciennes.