Né en 1955 à Saint-Louis, Moussa Kébé obtient en 1979 un diplôme en architecture navale de l'Ecole Technique Normale des constructions et Armes Navales de Brest. Il soutient un doctorat en lettres arabes sur la pensée d'al-Ghazali en 2013 à l'université Cheikh Anta Diop.