Fodé Cissé est né en 1944 à Focy (Forécaria) en Guinée. Il a travaillé successivement à l'Institut pédagogique national (IPN), à l'Institut polytechnique Gamal-Abdel-Nasser de Conakry (IPGANC), au ministère du Développement rural (MDR) et à l'École normale supérieure de Manéa, avant de devenir ambassadeur extraordinaire et plénipotentiaire de la République de Guinée en Roumanie. De retour de cette mission diplomatique, il reprend son travail d'enseignant à l'université de Conakry où on lui confie la direction de la chaire Unesco pour la Paix, la Démocratie et les Droits de l'homme.