Jean-Michel Charrue a toujours poursuivi, outre son enseignement, ses activités d'auteur : Plotin lecteur de Platon, sa thèse publiée trois fois, Le travail d'habilitation, Illusion de la dialectique et dialectique de l'illusion, tous deux aux Belles Lettres, De l'être et du monde (Klincksieck), Néoplatonisme (L'Harmattan), de nombreux articles et congrès, cette Philosophie néoplatonicienne de l'éducation.