Il est libéré quelques temps plus tard par le juge d’instruction Borel, avant l’envahissement de la zone — dite libre — par les troupes allemandes, en violation des clauses d’armistice. Dès sa libération, il gagne les premiers maquis en formation dans l’Ain et le Haut-Jura, sous les ordres du colonel Henri Romans-Petit. Il décide également, et sans plus tarder, de créer le journal clandestin Bir-Hakeim. Journaliste libre, André Jacquelin, n’ayant jamais accepté de se soumettre aux notes d’orientation, pas plus qu’à la censure de l’occupant et du gouvernement de Vichy — peut ainsi, et enfin, écrire en toute liberté et crier la vérité. Par la suite, Bir-Hakeim devait faire dire à Philippe Henriot à la radio de Vichy : « Le journal clandestin Bir-Hakeim est trop bien fait, imprimé sur un trop beau papier, illustré de surcroît de nombreux clichés des opérations ennemies, pour être fait en France ». Bir-Hakeim devait également déchaîner les colères de Marcel Déat, de Jean-Hérold Paquis, de Georges Suarez, de Robert Brasillach, etc... dans tous les grands quotidiens parisiens à la solde des Allemands. Malgré toutes les recherches de la Gestapo et de la Milice de Pétain-Darnand, André Jacquelin échappe miraculeusement aux griffes de Klaus Barbie — chef de la Gestapo de Lyon — et de Paul Touvier, chef de la Milice lyonnaise. Le journal clandestin Bir-Hakeim compte, hélas, 21 martyrs.