Les connaissances sur l'écologie des systèmes digestifs ont considérablement évolué au cours des deux dernières décennies. L'émergence de nouvelles méthodes moléculaires d'investigation a permis aux microbiologistes non seulement de « revisiter » les écosystèmes intestinaux déjà étudiés mais aussi d'accélérer le rythme de description des écosystèmes de nombreuses espèces animales présentant un intérêt pour l'alimentation et la nutrition de l'Homme et pour l'environnement.
Cet ouvrage a donc pour objet d'expliquer le fonctionnement des principaux phénomènes observés dans les systèmes microbiens digestifs. Il est à ce jour le livre le plus complet relevant de cette discipline, passant en revue la structure des principales communautés microbiennes chez l'homme et les animaux : ruminants, porcs, volailles, rat, souris, insectes, etc. Il tire par ailleurs son originalité d'un contenu qui intègre les deux grandes composantes de l'écosystème, le biotope et la biocénose.
Les écosystèmes digestifs s'adresse aux étudiants en licences et masters de biologie comme en classe préparatoire aux grandes écoles. Il sera également d'un usage précieux pour les agronomes, médecins, vétérinaires, pharmaciens et chercheurs en microbiologie.