Fidèle à son principe philosophique selon lequel l'homme naît bon, ses vices étant imputables à un état social mal organisé et à une éducation déficiente, Rousseau tente d'établir dans ce livre les principes d'une éducation naturelle. Il le fait en donnant à son traité la forme d'un "roman psychologique". L'éducation naturelle est pour lui non pas celle fondée sur les règles et traditions de la société mais sur la connaissance de la véritable nature de l'homme et de l'enfant. Il considère que les instincts naturels, les premières impressions, les sentiments et les jugements spontanés qui naissent au contact de la nature sont les meilleurs guides de la conduite humaine et donc son enseignement le plus précieux. Il s'ensuit qu'il faut respecter et favoriser chez l'enfant le développement de ces phénomènes instinctifs et se garder de les étouffer par une éducation mal comprise. Le philosophe veut "préparer le chemin à la raison par un bon exercice des sens". Ces affirmations de principe étant posées, il propose un cycle complet d'éducation divisé en quatre périodes correspondant au développement du corps (de 1 à 5 ans), des sens (de 5 à 12 ans), du cerveau (de 12 à 15 ans) et du coeur (de 15 à 20 ans). La nouveauté et l'audace pédagogique de l'"Émile" ont fait l'objet de longues polémiques courant de la date de publication du livre (1762) jusqu'au 20e siècle — l'ouvrage fut sévèrement condamné par le Parlement, par l'Église et même par certains philosophes comme Voltaire — mais ses théories sont aujourd'hui en grande partie passées dans la pratique et adoptées par le monde de l'éducation. Et les travaux des plus grands éducateurs du 19e et du 20e siècle (Pestalozzi, Herbart, Froebel, etc), tout en le discutant et le nuançant, dérivent pour la plupart directement de l'"Émile". Un style direct et vivant, riche de digressions poétiques, conservent encore aujourd'hui à ce livre majeur toute sa vitalité.