Cet ouvrage se situe au cœur de la philosophie de la biologie, qu’il aborde sous un angle plus thématique qu’historique. Il concerne les défis particuliers que la biologie contemporaine pose au philosophe. Comment la science du vivant se construit et se transforme-t-elle ? Comment argumente-t-elle ? Comment se justifie-t-elle face aux modèles dominants des sciences de la nature inanimée ? La réponse à ces interrogations prend la forme d’une réflexion sur des thèmes choisis pour leur importance et leur intérêt épistémologique. Quels débats de méthode se nouent autour de la notion taxonomique d’« espèce » ? Selon quels enjeux ? Comment l’explication biologique tente-t-elle acclimater la finalité aux formes de l’analyse causale ? Par quelle transition s’effectue le passage de la génétique mendélienne à la génétique moléculaire et quel type de « réduction » s’opérerait alors ? Mais ne doit-on pas aussi vérifier comment les conceptions « syntaxique » et « sémantique » de ce qu’est une théorie scientifique s’appliquent aux « familles de modèles » de la biologie ? Enfin, la structure complexe et problématique de la théorie de l’évolution, philosophiquement si instructive, saurait-elle ne pas retenir l’attention et solliciter l’analyse ?