«L’Apologie pour Herodote», publiée en 1566, n’offre pas seulement au lecteur une foison d’histoires constitutives d’une enquête anthropologique; elle présente un réquisitoire contre toutes les formes d’abus et de tromperie, celles auxquelles s’adonnent les marchands, les médecins, les gens de justice, et plus encore les clercs. Henri Estienne dénigre la superstition des catholiques telle qu’elle s’exprime dans leurs livres, mais il s’en prend aussi à la messe, à l’invocation des saints, au culte des images et des reliques. Sa dénonciation rallie le combat que l’humaniste mène contre la sottise avec les armes de l’esprit. Au-delà de la diatribe, «L’Apologie» est aussi une réflexion sur l’Histoire, qu’Estienne entend libérer de l’exemplarité et qu’il conçoit comme une science du concret. L’érudit se fait ainsi le peintre du temps présent et confronte à la connaissance des mœurs antiques l’observation immédiate des comportements quotidiens. Nouveau Démocrite, Henri Estienne se distingue par une écriture de l’ironie qui rapproche le lointain et met à distance le familier.