C'est en 1581 que Bèze a donné son précieux manuscrit des Evangiles (Ve-VIe siècles) à l'Académie de Cambridge, où ce trésor est depuis conservé sous le nom de Codex Bezae: c'est le 5e manuscrit du Nouveau Testament par ordre d'ancienneté. Pourquoi ce don? Nos lettres le montrent ; Bèze achève la révision de sa grande édition du Nouveau Testament annoté (4e édition qui paraîtra en 1582), pour laquelle il a utilisé précautieusemment ce très vieux manuscrit, car son tempérament conservateur le retenait de bouleverser le texte communément reçu. Et pourquoi Cambridge? C'était alors le centre des puritains d'Angleterre, l'Académie où enseignait Cartwright, disciple et ami. Un si fameux manuscrit rehausserait son prestige. Le volume contient entre autre des textes importants sur l'Harmonia confessionum, son élaboration et sa parution. Ce devait être la réponse du monde réformé à la "Formule de Concorde", ce monument de l'intransigeance luthérienne. D'autres lettres proviennent de France (il y en a très peu de ce genre au XVIe siècle), nous éclairant sur la politique d'Henri de Navarre et sur celle du prince de Condé, deux tendances entre lesquelles hésitait le monde réformé d'alors.