L'ouvrage présente les grands thèmes développés par Bayle, à propos de la religion en général, et du christianisme en particulier, en suivant le plan chronologique des œuvres : les pensées diverses (critique de la superstition et réflexion sur l'athéisme) ; la critique générale de l'histoire du calvinisme (enjeux de l'écriture d'une histoire religieuse) ; les nouvelles de la république des lettres (diffusion des idées, formation critique du public) ; le commentaire philosophique (tolérance et liberté de conscience) ; l'avis aux réfugiés (rapport entre religion et politique) ; le dictionnaire historique et critique (savoir et vérité) ; les entretiens de Maxime et de Thémiste, la réponse aux questions d'un provincial (problème du mal et théodicée). La présentation est accompagnée d'abondantes citations où apparaissent l'humour, les révoltes et les souffrances de Bayle. Une introduction à la lecture d'un auteur difficile à lire, parce qu'il déconcerte à cause de la liberté de son ton.