Lors d'infections ou de ravages, les plantes renforcent leurs barrières structurales de défense. Par la même occasion elles déclenchent par l'intermédiaire d'éliciteurs une cascade de réactions aboutissant à la synthèse de substances chimiques (phytoalexines) dirigées contre ses ennemis. Parmi celles-ci il y a les alcaloïdes, terpènoïdes, composés phénoliques, cyanogènes, lectines et diverses enzymes. Ces substances sont soit déjà présentes dans la plante (anticipines) soit induites par les pathogènes et ravageurs. Une plante peut neutraliser les toxines des pathogènes et vice versa. L'interférence par l'ARN permet aux plantes de lutter contre les virus, la méthylation de l'ADN réduit les gènes étrangers au silence. Les hormones de stress (éthylène, jasmonate, salicylate, acide abscissique, strigolactones, systémine) sont impliquées dans les réactions de défense. Les substances volatiles servent à communiquer entre plantes (appel aux parasitoïdes, avertissement de dangers d'infection ou de prédation). La communication souterraine entre plantes se fait à l'aide de mycorhizes (Internet souterrain). Ce que nous avons appris sur les stratégies de défense chez les plantes a son application pratique dans la lutte contre les maladies et les parasites.