Pour Auguste Comte, la philosophie n' aucune vocation à "fonder" les sciences qui existent très bien en dehors d'elle et c'est en cela que Comte est profondément hostile au cartésianisme. L'interaction complexe entre philosophie et sciences se noue autour de cette nouvelle discipline, inventée par Comte, qui est l'histoire des sciences. Ses disciples seront à l'origine de l'institutionnalisation en France de la discipline dans le contexte de la IIIe République. Il s'agit d'un certain type d'histoire des sciences "philosophique et critique", que Georges Canguilhem qualifiera de "style français" et qui survit aujourd'hui dans ce que l'on nomme l' "épistémologie historique". Bachelard, Canguilhem et Foucault sont redevables à Comte de cette approche, tout en récusant le "continuisme" de Comte, sa vision de l'histoire comme développement d'un germe ou encore ses projets politiques conservateurs. Ce qui fait de Comte un auteur typique du XIXe siècle, c'est un mélange de science et de religion, de positivité et de sentimentalité, qui finit par basculer dans l'occultisme.